ระหว่างการเดินระบบ เมมเบรนอาจเผชิญกับข้อจำกัดด้านคุณภาพน้ำ ซึ่งก่อให้เกิด การอุดตัน (Fouling) หรือ การเกิดตะกรัน (Scaling) ได้แก่

การเกิดตะกรันจากของแข็งที่ละลายอยู่ในน้ำ: น้ำที่มีความเข้มข้นของเกลือสูงอาจก่อให้เกิดตะกรันบนผิวเมมเบรน โดยเฉพาะ

• แคลเซียมและแมกนีเซียม
• ซัลเฟตและฟอสเฟต
• ซิลิกา

เกลือเหล่านี้สามารถตกผลึกและสะสมเป็นชั้นตะกรัน ทำให้อัตราการไหลของน้ำดีลดลงและความดันของระบบเพิ่มขึ้น

สารอินทรีย์และจุลินทรีย์: สารอินทรีย์และจุลินทรีย์ในน้ำที่ป้อนระบบสามารถสะสมบนผิวเมมเบรน ก่อให้เกิดชั้นการอุดตันจากสารอินทรีย์ ซึ่งส่งผลให้ประสิทธิภาพการทำงานของเมมเบรนลดลง

สารออกซิไดซ์และสารฆ่าเชื้อ: สารออกซิไดซ์บางชนิด เช่น คลอรีน อาจทำให้เมมเบรน RO และ NF เสื่อมสภาพ หากไม่มีการควบคุมอย่างเหมาะสม